После аттестации помещения в качестве чистого необходим регулярный контроль с целью подтверждения соответствия заданному классу чистоты по концентрации частиц в воздухе. Обычно такой контроль проводится один раз в год.
Чтобы быть уверенным, что чистое помещение действительно является «чистым», мало его правильно спроектировать (DQ - аттестация проекта — подтверждение, что возведённое по данному проекту помещение будет соответствовать техническому заданию), правильно возвести (IQ-аттестация инсталляции — подтверждение, что помещение, вентиляционное оборудование построено в соответствии с проектом и удовлетворяет требованиям, предъявляемым к чистым комнатам), правильно ввести в эксплуатацию (OQ-аттестация в функционирующем состоянии — подтверждение, что система вентиляции и фильтрации обеспечивает необходимую кратность воздухообмена, перепадов давления и концентрацию частиц в воздухе для данного класса чистоты без учёта персонала и производимой продукции), правильно запустить производственный цикл (PQ-аттестация в эксплуатируемом состоянии — подтверждение соответствия классу чистоты с учётом производственного процесса, проводимого в чистом помещении), необходимо ещё в процессе эксплуатации поддерживать чистое помещение в состоянии, соответствующем его классу.
Помимо регулярной уборки чистых комнат, необходимо также проводить контроль постоянного соответствия помещения заявленному классу чистоты. Обычно регулярность такого контроля составляет год. Раз в двенадцать месяцев необходимо измерить концентрацию частиц в воздухе, кратность воздухообмена, а также перепады давления. Если результаты контроля неудовлетворительны, следует найти и устранить причины, приведшие к ним и повторно аттестовать помещение как чистое.
Также повторная аттестация потребуется, если были выявлены нарушения в эксплуатации чистого помещения, был значительный перерыв в работе вентиляции обеспечивающей помещение чистым воздухом или проводились работы по техническому обслуживанию, которые могли повлиять на класс чистоты помещения (например замена фильтров в системе приточной вентиляции).